1.治疗先天性心脏病！先天性心脏病（CHD）是最常见的出生缺陷。单单英国每年就有名新生儿被诊断患有CHD，这些疾病目前唯一的治疗方法就是修复性手术——用一块叫作移植物的组织替代受损组织。由于儿童的心脏常常会长大超出修复的移植物，因此儿童在童年期间需要反复进行手术。
现在，来自布里斯托大学布里斯托心脏研究所的的MassimoCaputo和PaoloMadeddu教授利用脐带和胎盘干细胞培养出了一种细胞移植物，这种移植物可以随着儿童的心脏一起生长，并且只要一次手术就可以治好先天性心脏病。
2.有助治疗支气管肺发育不良
早产儿有增加患上支气管肺发育不良(以下简称BPD)的风险，BPD是一种严重的肺部疾病，也是死亡和长期并发症产生的一种主要原因。
在一项新的研究中，来自韩国的科研人员将源自人新生儿干细胞里的间充质干细胞气管内移植到有更高风险患上BPD的9名极早产儿(胎龄为24到26周)体内。所有接受这种治疗的婴儿耐受性良好，没有任何直接的严重副作用。33%的接受这种治疗的婴儿患上中度BPD，没有人患上重度BPD，而72%的配对的对照组婴儿患上中度支气管肺发育不良和重度支气管肺发育不良。极早产儿的另一个严重副作用是需要进行外科手术的早产儿视网膜病变，在经受治疗的婴儿体内，这种副作用往往更少发生。
3.治疗异位性皮肤炎
异位性皮肤炎，又名异位性湿疹或遗传过敏性湿疹，是一种与遗传有密切关系的皮肤疾病，因遗传导致皮肤异常而发生病变，会反复发作且搔痒难当即异常敏感，好发于婴幼儿时期，也因此，有些人会称之为“婴儿湿疹”。
韩国首尔大学和釜山大学的研究人员指出利用来自新生儿干细胞进行治疗可能是一种有效的方法来治疗中重度湿疹或者说异位性皮肤炎。在这项临床试验中，34名病人被随机地分配接受低剂量或高剂量新生儿干细胞皮下注射。在第12周，55%接受高剂量注射的病人的湿疹面积与严重度指数下降50%。异位性皮肤炎的免疫相关标志物水平也显著下降。
3.将新生儿干细胞分化为大脑少突胶质细胞
4.美国中佛罗里达大学的科研人员成功的把新生儿干细胞转化为大脑少突胶质细胞。这为脊髓损伤和多发性硬化症以及其他中枢神经系统疾病开发出新的治疗方法。
5.肝硬化
新生儿干细胞治疗晚期肝硬化失代偿期,可明显改善临床症状,促进腹水消退,提高肝脏合成白蛋白和前白蛋白能力,显著改善凝血功能。有效性高达87.5%。
6.再生障碍性贫血
新生儿中含有大量造血干/祖细胞及造血刺激因子;新生儿对再生障碍性贫血（CAA）具有良好治疗作用，治疗有效率达86.1%
7.癌症
新生儿中含有抗癌作用的HOZOT细胞，可对癌细胞进行杀伤的同时，凭借干细胞修复机体。而对于晚期癌性胸水的患者的治疗有效率达92%。
8.糖尿病
研究证实,新诊断的1型糖尿病患者,接受自体造血干细胞治疗后,绝大多数患者胰岛β细胞功能增强,不依赖胰岛素的时间也延长。
新生儿干细胞移植对2型糖尿病患者β细胞功能的恢复及血糖的控制有很好的疗效。脐血干细胞可分化为胰岛B细胞，有效改善血糖，同时对糖尿病引发的并发症有较强修复和改善效果。有效性在90%以上。
9.白血病
新生儿是目前治疗白血病的极佳材料之一，尤其对于小儿白血病，非亲缘新生儿的存活率极高。由于新生儿配型要求不高，适应性强，疗效极佳。
10.肌萎缩侧索硬化
新生儿治疗肌萎缩侧索硬化效果明显，可有效延缓肌萎缩侧索硬化进展，且安全性极佳。
11.HIV感染
相关研究证实对HIV感染者注射新生儿干细胞后，3年内未检测出HIV病毒。
新生儿干细胞可供3代以内直系亲属使用，几乎不会出现排异反应。